在灭亡于阗王国后不久，喀喇汗王朝很快便将目标对准了盘踞在新疆东部的高昌回鹘王国。卡德尔汗死后，艾哈迈德继位，成为新的大汗。大汗艾哈迈德御驾亲征，率军从八刺沙衮出发，越过伊犁河，攻入了高昌回鹘的政治中心吐鲁番一带。高昌回鹘随即出兵迎击，经过一番激战，击退了来犯之敌。
1017年，高昌回鹘发兵近10万，号称30万，反击并攻入喀什噶尔。患病的艾哈迈德抱病组织人马进行抵抗，击败了因长途奔袭而疲惫的高昌回鹘军队。艾哈迈德又亲自率军反击，并再次攻入吐鲁番，同高昌回鹘军队展开了激烈的战斗。《突厥语大词典》中收录了关于这次战争的大量诗歌，这些诗歌也反映了战争的激烈与残酷。其中一首诗歌这样写道：「我们给战马配上记号，向着回鹘地区的异教徒，向着盗贼和恶狗，像飞鸟一样飞速进发」。宗教极端思想使得喀喇汗人极端仇恨这些崇拜偶像的佛教徒，将他们称为“盗贼和恶狗”。
展开剩余93%攻入高昌回鹘境内的喀喇汗军队对当地居民，特别是佛教徒进行了残酷的杀戮，他们不仅屠杀回鹘佛教徒，还对当地的佛教建筑和文化进行了大肆破坏。《突厥语大词典》中的另一首诗歌对此做了这样的描述：「我们的降临犹如一场洪水，攻陷了大小城池，捣毁了他们崇敬的佛像、庙宇，还在菩萨像上面拉屎撒尿」。
被穆斯林毁坏的佛教雕塑
而高昌回鹘的军民也对入侵的喀喇汗军队进行了顽强的反击，正当战争进入相持阶段，艾哈迈德大汗突然病情加重，喀喇汗王朝不得不撤军停战。对高昌回鹘的这次圣战就这样无果而终。
而就在喀喇汗王朝对高昌回鹘王国的战争结束后不久，喀喇汗王朝就因内部矛盾爆发，分裂为东西两个政权，陷入了无休止的内争，再也无力对外发动大规模的圣战。而喀喇汗王朝的分裂也将新疆东半部的伊斯兰化往后推迟了400多年。
到了公元1124年，被宋朝与金国两面夹击的辽国即将灭亡之际，辽国的末代皇族耶律大石率领部众西迁，在新疆和中亚一带建立了西辽。由于契丹人之前就与中原政权有频繁且密切的来往，其军事和政治制度早已汉化，其动员体制要比那些突厥的部落政权更为先进和高效。因此耶律大石的军队可以在新疆和中亚一带所向披靡，先是收服了高昌回鹘和东喀喇汗国。随后西辽发动西征，征服了西喀喇汗国。并在中亚河中一带击败了西喀喇汗国的宗主国——强大的塞尔柱帝国，一举征服了从新疆到中亚河中一带广袤的土地，在中亚地区称霸一时。
西辽全盛时期的疆域
而西辽政权对新疆和中亚的统治，某种程度上也遏制了伊斯兰教在这些地区的进一步扩张。与之前的喀喇汗王朝独尊伊斯兰教不同，西辽实行宗教平等政策，对佛教、伊斯兰教、摩尼教和景教在内的各种宗教均采取包容态度。在这个国家里，异教徒不再是被压制和消灭的对象。各大教派在西辽统治时期和平共存了几十年，新疆的伊斯兰化进程也因此中断了几十年。
到了13世纪初期，西辽已经日暮西山。此时的西辽政权内忧外患，朝政混乱不堪，大片领土也被外敌强占，附属国纷纷反叛。而临近的蒙古草原上正在进行着激烈的兼并战争。
1204年，铁木真的蒙古部击败了盘踞在蒙古高原西部的乃蛮部，乃蛮部的太阳汗败亡。太阳汗的儿子屈出律在反击失败后逃到了西辽。西辽的末代皇帝耶律直鲁古出于善意收留了他。事后证明，这个举动无异于引狼入室。屈出律先是赢得了直鲁古的女儿浑忽公主的赏识，并迎娶了她，成为了西辽的驸马，然后又用花言巧语骗取了直鲁古本人的信任，被委以重任。此后，屈出律便趁机在暗地里召集离散的部众，暗中积蓄力量，最终发动政变，一举篡夺了西辽的王位。
屈出律
屈出律篡位后，虽然名义上依旧延续了西辽的国号和旧制，但此时的西辽已经名存实亡。他上台后大肆的倒行逆施，残酷迫害当地的穆斯林，搞得当地穆斯林民怨沸腾。而此时的蒙古人也在四处搜寻和抓捕屈出律。自打击溃乃蛮部后，铁木真便把以屈出律为首的乃蛮残余势力视为巨大的威胁，时刻担心这些人会反扑。当得知屈出律投奔西辽并篡夺其王位后，成吉思汗决心彻底铲除这个威胁。于是蒙古人便打着“剿灭屈出律，拯救受压迫的穆斯林”的名义出兵新疆。在各地穆斯林的配合与支援下，蒙古军一举占领了西辽全境，逮捕并处死了屈出律，新疆自此沦为蒙古人的领地。
后来，成吉思汗把新疆这片土地大部分分封给了他的次子察合台，建立了察合台汗国，而北部一小部分则分封给其三子窝阔台，建立了窝阔台汗国。
而正是蒙古人的到来，给了新疆的佛教致命一击。蒙古人的统治后来引发了新疆历史上第三波伊斯兰化浪潮。在蒙古统治时期，新疆地区第一次实现了政治层面的统一。而自打公元前2世纪新疆地区首次出现于历史记载以来，这片土地上小国林立，各个小国割据一方，彼此征伐不断。经过上千年的混战和外来民族的征服，到了10世纪后期，新疆地区形成了三个较大的国家，这便是前面提到的喀喇汗王朝、于阗和高昌回鹘。后来契丹人建立的西辽虽然在形式上统一了新疆，但西辽不同于大一统的中原王朝。由于当时的新疆与中原地区在生活方式和社会结构层面的差异巨大，因此很难一下子就全盘照搬中原地区的统治模式。西辽的统治更多的是要求各地的部落和被其征服的国家臣服于自己。对于那些臣服自己的部落和国家，西辽依然保留其完整的建制，并不进行直接的统治，只是要求他们定期缴纳税收和履行效忠的义务，不会过多去干涉其内部事务。例如允许臣服自己的高昌回鹘国王继续统治自己的部落，这样的统治带有一定的妥协性，因此有其先天脆弱性。一旦西辽走向衰落，这些附属国便纷纷反叛。后来蒙古人统治新疆，政治上的集权化和统一趋势比起契丹人统治时期更进一步。
1309年，统治新疆北部的窝阔台汗国被察合台汗国攻占。此后，察合台汗国又多次入侵高昌回鹘王国，其政治中心吐鲁番也被察合台汗国攻占。到了13世纪前期，高昌回鹘几乎所有领土都被察合台汗国占领，高昌回鹘王室和部分民众逃到了河西走廊一带，这些人日后大部分被同化为汉族和回族。而留在当地的高昌回鹘人则与迁入的蒙古人，以及新疆西部居民逐渐融合，形成了今天的维吾尔族。
维吾尔族
对窝阔台汗国和高昌回鹘的征服与吞并，标志着新疆地区首次实现了千年未有的政治层面的大一统。虽然这次的统一就跟最初秦朝的统一一样，都非常短暂，仅仅持续了几十年。几十年后，察合台汗国迅速走向了衰落和瓦解，分裂为东西两部。但蒙古人的统一却意义深远，新疆东部和西部地区在政治上的隔绝被打破，为日后在新疆地区推行某种统一的意识形态创造了绝佳条件。
在察合台汗国初期，蒙古统治者遵循成吉思汗的法令，对各种宗教都一视同仁，不强制推行任何宗教。虽然早期的蒙古人在欧亚大陆上攻城略地，一路杀人无数，对待被征服的民众相当残忍，但在文化和宗教层面，早期的蒙古人却相当的开明，他们允许多种信仰和文化共存，并没有去追求一个统一的意识形态或宗教理念，对待不同的文化和信仰也都能做到包容以及兼容并蓄。可以说，早期蒙古的强大与蒙古统治者倡导的包容和多元是分不开的。
正是得益于这种包容与多元的理念，蒙古人能够有效地吸收和借鉴各个民族在科学以及文明层面的先进成果和经验，也有利于吸纳各民族的精英和优秀人才。但到了后期，蒙古人在各个被征服地区站稳脚跟，成为了统治阶层之后，这些人迅速被同化，他们开始认同并崇拜当地的宗教和文化，同时他们的思想观念也迅速的僵化，开始背离成吉思汗制定的法令，打压和迫害不同的文化和宗教。蒙古帝国立国初期的多元与包容的风气不复存在。此时的蒙古统治阶层，无论是眼界还是格局，都不能再与他们的前辈相提并论了。而思想层面的僵化似乎也预示了蒙古人将不可避免地走向衰落和灭亡。
到了察合台汗国分裂之后，东察合台汗国的第一任大汗秃黑鲁·帖木儿汗接受了伊斯兰教，成为了新疆地区第一位皈依伊斯兰教的蒙古大汗。入教后，他立刻改变了祖先所定的宗教包容政策，将所有非伊斯兰的宗教全部列为要被消灭的邪恶异端。在入教伊始，他便说服蒙古的王公大臣皈依伊斯兰教，接着又在穆斯林突厥家族的支持与配合下，在全汗国境内强制推行伊斯兰教。他先是下令蒙古人必须带头皈依伊斯兰教，以做出表率，如有违抗，严重者处以死刑。新疆历史上的第三波伊斯兰化浪潮由此开始。
在残酷的暴力胁迫下，东察合台汗国先后有16万蒙古人集体加入了伊斯兰教。在秃黑鲁·帖木儿汗的支持下，名为“库车伊斯兰社团”的伊斯兰极端组织进入库车，强迫并监督当地的佛教徒改信伊斯兰教，对于拒绝皈依的佛教徒进行各种惩罚和酷刑折磨。而库车正是从两汉到唐代的史书当中记载的龟兹国所在地，这里一度是闻名西域的佛教中心，也是与于阗地区并列的新疆历史上两大佛教文化最辉煌的地区之一。即便到了14世纪中期，佛教在此地依然有着很大的势力。“库车伊斯兰社团”的种种残暴行径很快激起了库车当地佛教徒激烈的反抗，他们发动了大规模的暴动，秃黑鲁·帖木儿汗很快派兵镇压了暴动。“库车伊斯兰社团”也趁机对库车的佛教徒进行了更残酷的杀戮，还对当地的佛教文化进行了毁灭性的破坏。他们捣毁佛教庙宇，砸毁佛像，焚烧佛教典籍，屠杀佛教教徒，具有一千多年历史的库车佛教文化几乎被破坏殆尽。在刀剑的胁迫下，很快当地居民便集体皈依了伊斯兰教。自此，继于阗之后，新疆的又一个佛教中心在血与火的清洗中湮灭了。
而秃黑鲁·帖木儿汗的后裔也都把伊斯兰教作为维护蒙古人统治和对外扩张的工具。此后的几位蒙古大汗在宗教政策上一个比一个狂热与极端。
到了第三代大汗黑的儿火者汗执政时期，发动了对吐鲁番的圣战。虽然之前吐鲁番随着高昌回鹘的灭亡，一度被察合台汗国占领，但随着察合台汗国的迅速瓦解，这片信奉佛教的土地获得了短暂的独立。但到了黑的儿火者汗执政后，便决心出兵收回这片土地。
这场战争进行的相当顺利，在攻占吐鲁番后，狂热的穆斯林士兵对当地的佛教徒进行了血腥屠杀，对佛教文化更是进行了彻底的破坏，考古出土的很多文物也都印证了当时穆斯林对佛教徒的残酷屠杀和文化灭绝。现在出土的很多蒙古统治时期的佛经以及佛教文献，往往都带有人为破坏的痕迹，有的是被撕毁的，有些则是被焚烧过的。而那些被烧剩的残卷，多数是当时穆斯林军队放火焚烧寺院时，因房屋或院墙倒塌被压在下面才幸而保存下来的。同时，出土的一些僧衣上也布满了血迹，在一些佛教寺院遗址里，甚至还发现了无数被撕得粉碎的佛教典籍，浸泡在被杀僧侣的血泊中，经过几百年的岁月，已凝结成硬如石块的东西，旁边还有缺头断足的尸骨。显然是那些拒绝改信伊斯兰教的佛教徒被杀害后随意丢弃，场面十分残酷。
被穆斯林毁坏的佛教壁画
而继黑的儿火者汗之后的穆罕默德汗，更是一个极端狂热的伊斯兰教推行者，他规定所有的蒙古人都必须接受伊斯兰教，遵守教规，按时礼拜，还要戴上缠头巾，违者严加惩处。当时如果拒绝戴上缠头巾，甚至会被用马蹄铁钉入头颅。察合台汗国的蒙古人在这种严刑峻法的逼迫下，最后被迫全民接受了伊斯兰教。
到了16世纪初，伊斯兰教最终将佛教势力排挤出了新疆东部的哈密，佛教在新疆再也没有了立足之地，新疆完成了第三波伊斯兰化。至此，伊斯兰教自传入以来，经过六个多世纪的传播，最终全面取代了佛教，成为了新疆地区的主导宗教，新疆这片土地被全面伊斯兰化。
当然了，如果严格地说，新疆本土的佛教并没有在14至15世纪的浩劫中全部灭亡。此后，新疆地区的本土佛教在一些统治者权力无法涉足的偏远山沟里，依然顽强延续了300多年。据说到了18世纪后期，某位哈密王听说，在某个大山深处的偏僻山沟里，百姓们依然延续着祖先传下来的佛教信仰，坚持拜佛。这位哈密王闻讯后很是惊奇，说全世界都已经归顺了真主安拉，为什么这些人还在拜佛？于是他便派人到当地建清真寺，并派出毛拉教导当地人皈依伊斯兰教。这大概是另一个版本的世外桃源传说。而据说直到19世纪前期，在新疆东部依然有个别与世隔绝的偏远山村的维族村民坚持着佛教信仰，但这些记载再到后来就都不见了踪迹。当然了，这些偏远山区零星的佛教信仰，只不过是佛教毁灭后一些微不足道的残存而已，这些残余势力基本上可以忽略不计，对新疆的历史进程没有任何影响。
学术界普遍将新疆佛教的历史终点正式定在了16世纪初，当时的新疆完成了全面的伊斯兰化，新疆的居民也在语言、文化、信仰层面实现了统一，逐渐融合成今天的维吾尔民族，伊斯兰教也正式成了维吾尔民族的信仰。
从总体的历史进程来看，维吾尔人成为穆斯林并非完全是自愿皈依，期间伴随着统治阶层血腥的杀戮和国家暴力，以及残酷的武力征服与文化灭绝，原本信仰佛教的维吾尔人最终在穆斯林战刀的威胁和杀戮下，放弃了佛教的信仰，被强迫改信了伊斯兰教。维吾尔人集体皈依伊斯兰教，既是被暴力征服的结果，也是一轮又一轮残酷的文化灭绝的最终产物。对于那些坚持佛教信仰、拒绝改宗的维吾尔佛教徒，则是直接的肉体消灭和血腥屠杀。古代新疆悠久辉煌的佛教文化就这样被穆斯林军队毫不留情地毁灭了。昔日灿烂的古西域佛教文明已经彻底死掉了。今天的人们也只能从新疆各地遗留的古代石窟以及被穆斯林毁坏的佛教壁画与建筑当中，才能目睹昔日佛教文明辉煌的冰山一角。后来的穆斯林征服者已经在精神层面彻底控制并重塑了这个民族。
总结一下，自打公元10世纪伊斯兰教传入以来，新疆地区共经历了三波大规模的伊斯兰化浪潮。第一波伊斯兰化是以萨图克为首的喀喇汗王朝的统治阶层，动用国家权力在全国境内推广伊斯兰教。此后的历任大汗延续了萨图克的宗教政策，宣布伊斯兰教为国教。这波浪潮直接导致了新疆西北部的伊斯兰化，伊斯兰教在新疆站稳了脚跟。第二波伊斯兰化是皈依伊斯兰教的喀喇汗王朝，最终灭亡了盘踞在南疆一带拥有上千年历史的佛教古国于阗。伊斯兰教势力开始深入新疆南部，并逐渐占据新疆的半壁江山，与佛教势力呈现东西对峙状态。第三波伊斯兰化是皈依伊斯兰教的蒙古统治者对新疆东部一带的武力征服，用残酷的暴力和杀戮强迫当地民众改信伊斯兰教。绵延了上千年的西域佛教文明自此全面毁灭，佛教在新疆的最后据点也被连根拔起，新疆实现了全面的伊斯兰化。
总体而言，新疆的伊斯兰化是一个漫长的过程，从伊斯兰教传入到成为新疆地区的主导宗教，总共经历了将近600年的漫长岁月。而且，新疆东部的土著居民皈依伊斯兰教，与西部的土著居民在时间上相差了五百多年。
值得注意的一点是，伊斯兰教的传入正好赶上了丝绸之路衰落，当地的文明走向黑暗这一历史阶段。伊斯兰教的传入在客观上增强了当地居民的凝聚力，并整合了当地的民族，为日后形成统一的维吾尔民族奠定了基础。
虽然大多数时候维吾尔人是被强迫改信了伊斯兰教，但也不得不承认，相比于佛教，伊斯兰教有很多独特的优势。伊斯兰教与佛教最大的不同就在于它的教义和仪式非常的简单，而且灵活务实。只要精神上信仰坚定，教义在某些情况下可以变通，例如病重和旅途当中可以不封斋，无水净身时可用土替代。相比于佛教，伊斯兰教更能够团结底层穷人。伊斯兰教的清真寺从不追求高大奢华，有时甚至只要有一块能容身的干净之处即可。佛教那种规模宏大、耗费惊人的宗教活动，在伊斯兰教里几乎是看不到的。伊斯兰教唯一需要花费穆斯林大量金钱的宗教活动就是去麦加朝圣，但信徒可以根据经济实力自由选择，这点并不强制。最重要的是，伊斯兰教的神职人员不多，而且大部分都不脱离生产，不会给社会带来沉重的经济负担，不像佛教僧侣那样需要信徒们耗费巨资供养。不过对于劳动人民最有吸引力的还是《古兰经》里宣扬的“穆斯林皆兄弟”，“可以瓜分战利品”，“穷人可以分享富人财富”，“允许奴隶赎身”，“反对高利贷”等等，这些对饱受压迫的中下层百姓的吸引力不言而喻。伊斯兰教在精神层面能够更好地凝聚下层民众，这点也是其能够在漫长的历史岁月里逐渐取代佛教的重要原因。
而且我们今天所说的伊斯兰文化，在严格意义上是以伊斯兰教文化为核心，囊括了古希腊、罗马、波斯等多元文化的复合型文化。因此，伊斯兰教在传播过程中有着一定的灵活性和适应性。按照伊斯兰教的一神教传统，除安拉之外的任何崇拜原则上都是不被允许的，但在接受伊斯兰教之前的西域居民，自古就有祖先崇拜的风俗。这就意味着，倘若强行按照伊斯兰教的教义，改变当地居民的祖先崇拜传统，必然会引起他们的抵触情绪，不利于伊斯兰教的传播。为了照顾当地人民的这一习俗，伊斯兰教士们巧妙地给当地人民的祖先崇拜习俗披上了伊斯兰教的外衣。今天新疆地区的朝拜麻扎的习俗就是伊斯兰教本土化的产物。
朝拜麻扎
前面讲过，伊斯兰教传入之前的几百年里，新疆的佛教事实上已经衰落，人们对佛教的热情大不如前。一些对佛教失去希望的人们开始改信其他宗教，就连原本已经衰落的祆教也一度在于阗和疏勒等地的民间社会重新兴起。今天的人们看到新疆的那些富丽堂皇的佛窟遗迹，或许不会想到，在工业化之前要开凿如此庞大的佛窟，将会给整个社会带来多么沉重的负担。就如同古埃及，任何将大量的社会资源都投入到宗教领域的文明，或迟或晚，都将不可避免地走向衰落和灭亡。毕竟一种信仰存在的意义，首先是给最需要它的人们提供精神慰藉，而不是以信仰的名义去剥削他们。新疆佛教的毁灭固然是被伊斯兰政权暴力征服的结果，但佛教的衰落却并非完全是由于穆斯林的入侵，佛教自身的种种问题也不容忽视。
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